سخن گفتن درباره «روش تحقیق در تاریخ» چندان آسان نیست. ورود به این حوزه به منزله گذر از قلمرو علم و گام نهادن در عرصه فلسفه علم است که به معنای پیوند دو حوزه مهم هستی شناسی و معرفت شناسی است. زیرا روش شناسی تاریخی راه های علمی پژوهش، نقادی، تفسیر و تبیین تاریخ را می کاود در جایگاهی فراتر از علم تاریخ قرار می گیرد و در واقع ناظر بر علم تاریخ است. از این رو، هنگامی که به «روش تحقیق» می اندیشیم به میدان گسترده ای گام نهاده ایم که افق های آن بسیار وسیع و دور از دسترس اند. افقهایی که گشودن شان مستلزم آشنایی کافی با حوزه هایی چون: شناخت مبانی و مقدمات علم تاریخ، فلسفه نظری تاریخ، فلسفه علم تاریخ، تاریخ نگری و روش های متنوع و متحول پژوهش در گذشته و امروز، منبع شناسی و دستاوردهای نظری علوم کمکی تاریخ مطالعات بین رشته ای و مانند آنها است.
بنابراین، پژوهشگران روش تحقیق در تاریخ به قلمروی قدم نهاده اند که حدود و دامنه آن به درستی روشن نیست. زیرا موضوعات مورد مطالعه مورخان از عرصه تنگ سیاست گذر کرده و به همه حوزه های متزاید زندگی گذشته بشر جاری شده است؛ بینش و روش تاریخ نویسی دگرگون شده و تلقی ها و انتظارات جدیدی از علم تاریخ شکل گرفته است. از همین رو، در پرتو مکاتب تاریخ نگری و تاریخ نگاری جدید، روش شناسی تاریخی متحول شده است. پژوهشگر این عرصه از خود می پرسد که باید از روش تحقیق در تاریخ سخن بگوید یا از روش های تحقیق در تاریخ؟ تردیدی نیست که مکاتب گوناگون از روش های گوناگون در مطالعات تاریخی سخن گفته اند. این روش ها از انگاره های پوزیتیویستی عهد روشنگری آغاز می شود و با روش های متنوعی چون همدلی، تبیین های فردگرا، جمع گرا، ساختارگرا، تبیین های تبارشناسانه روش های مارکسیستی، ویگی، آنالی و هرمنوتیک با شعبات آن از دیلتای تا گادامر و نیز نگرش های انکارآمیز پست مدرنها در دستیابی به حقیقت تاریخی و مانند آنها تداوم یافته است.
افزون بر این، حفظ تعادل ظریف میان روش تحقیق در علم تاریخ و فلسفه علم تاریخ از دیگر چالش های این عرصه است. بخش عمده ای از مباحث این دو حوزه با یکدیگر همپوشی دارند: مسائلی چون تعریف علم تاریخ، روش و روش شناسی، علیت، تبیین، عینیت، قوانین و قواعد در تاریخ و مانند آن ها.
دشواری کار پژوهشگر روش تحقیق این است که ضمن اشراف بر این حوزه ها باید جنبه های کاربردی آنها را در علم تاریخ نشان دهند و با رویکردهای گوناگون مکاتب تاریخ نگاری و روش های مورد ادعای آنها در این حوزه ها آشنایی داشته باشد.