در برخی نظام های خودکار کتابخانه ای، برای هر بخش از نرم افزار جداگانه و مستقلی استفاده می شود. هر نرم افزار ویژگی های خاصی دارد و معمولا امکاناتی برای ایجاد ارتباط میان آنها پیش بینی نشده است. از این رو، استفاده از این نظام ها با محدودیت هایی مواجه اند که از جمله آنها می توان به موارد زیر اشاره کرد:
الف) هر کدام از بخش های کتابخانه دارای پایگاه اطلاعاتی واحد و مستقلی است و این امر به ورود تکراری اطلاعات در بخش های مختلف نظیر امانت، فراهم آوری و سفارش نشریات ادواری و فهرست های همگانی منجر می گردد و چون داده های تکراری در برنامه ذخیره می شود، امکان نظارت متمرکز و هماهنگ بر کل عملیات نظام نیست.
ب) داده های موجود در یک برنامه در دسترس کاربران سایر برنامه ها نیست و چون فاصله های زمانی به هنگام سازی برنامه متفاوت است، آگاهی از آخرین داده های یک برنامه برای کاربران برنامه های دیگر میسر نیست.
ج) چنانچه مشکلات نرم افزاری یا سخت افزاری در نرم افزار به وجود بیاید، کل نظام تحت تأثیر قرار می گیرد و برای رفع نقص یا بهسازی آن لازم است کار کل نظام متوقف شود. از این رو بروز ایراد در یک بخش موجب رکود کار در بخش های دیگر می گردد.
محدودیت های گفته شده در خصوص نظام های خودکارسازی کتابخانه ها از یک طرف و ظهور فناوری های اطلاعاتی و استفاده از آنها در سازماندهی و ذخیره اطلاعات و استفاده از منابع الکترونیکی در کتابخانه ها از طرف دیگر، باعث شد تا نظام های خودکار کتابخانه ای مراحل تکامل را سپری کنند و بیشتر بر نظام های یکپارچه کتابخانه ای متمرکز شوند.