بدون شک، در دنیا کمتر جانوری است که به اندازه ی پنگوئن ها، در بین مردم محبوبیت داشته باشد! و کمتر کسی هم هست که دلش نخواهد پنگوئنی در خانه داشته باشد، و یا... دست کم یکی از آن ها را از نزدیک ببیند!
آقای پاپر، قهرمان داستان پنگوئن های آقای پاپر آن قدر خوش شانس است که نه یکی و دوتا؛ بلکه دوازده تا پنگوئن در خانه دارد! باورتان می شود!؟
آقای پاپر، نقاش ساختمان، رویای خیلی بزرگی در سر داشت. دلش می خواست به سرتاسر دنیا سفر کند و دیدنی هایش را ببیند. اما بیشتر از همه، دلش برای سفر به قطب جنوب و دیدن پنگوئن ها پر می زد. به خصوص از زمانی که فیلمی درباره ی قطب جنوب و پنگوئن هایش دیده بود، بیش از پیش هوایی شده بود!
اما می دانست رفتن به قطب جنوب، به این سادگی ها نیست. کلی پول می خواهد، وقت آزاد می خواهد، و خیلی چیزهای دیگر،... که او هیچ کدامش را ندارد. تا آن که...
یک روز پستچی در خانه اش را می زند، جعبه ی خیلی خیلی بزرگی برایش می آورد. داخل جعبه،... باورتان می شود؟!... یک پنگوئن است!
همین پنگوئن، برای خانواده ی پاپر همه چیز به ارمغان می آورد؛ از دردسر فراوان گرفته... تا یک عالمه هیجان، شادی، سرگرمی... و حتی شهرت!