فلور میکروبی در داخل و سطح بدن انسان در یک حالت تغییرات مداوم است که به وسیله بسیاری از فاکتورها از قبیل سن، رژیم غذایی، وضعیت هورمونی، سلامتی و بهداشت فردی تعیین می شود. در حالی که جنین انسان در یک محیط استریل و محافظت شده زندگی می کند، نوزاد تازه متولد شده در معرض میکروب های مادر و محیط اطراف قرار دارد. در ابتدا پوست نوزاد کلونیزه می شود و بعد از آن اوروفارنکس، مجرای گوارشی و سایر سطوح مخاطی کلونیزه می شوند. در تمام طول زندگی انسان، این جمعیت میکروبی دائما در حال تغییر است. تغییر در سلامت می تواند به طور چشمگیری تعادل ارگانیسم های هتروژنی که با ما زندگی می کنند را به هم بزند. به عنوان مثال بستری شدن در بیمارستان باعث جایگزینی باسیل های گرم منفی (مانند کلبسیلا و پسودوموناس) به جای ارگانیسم های طبیعی و غیر بیماریزای اوروفانکس می شود که به ریه ها تهاجم کرده و پنومونی ایجاد می کنند.